Urodził we wsi na Kielecczyźnie. W 1915 roku wstąpił do seminarium; święcenia kapłańskie przyjął w 1919 roku, a następnie trafił na Wydział Teologiczny UW. W czasie wojny z bolszewikami, jako ochotniczy kapelan wojskowy, oglądał pola walk; zrozumiał wtedy, że przykazanie „nie zabijaj” musi znaczyć „nigdy nikogo”. W latach 1923-25 pełnił funkcję pierwszego kapelana zakładu dla ociemniałych w Laskach pod Warszawą. W latach 1932-34 studiował judaistykę, angażując się w inicjatywy międzyreligijne jako prekursor ekumenizmu. Po wybuchu II wojny światowej brał udział w kampanii wrześniowej, odprawiał msze dla wojska. W 1940 roku mówił podczas rekolekcji: „Miłość tak nas wiąże, że nawet choćby ktoś z nas stawał w walce, [...] pobudką jego działania ma być także miłość. [...] Nie ma człowieka, którego wolno by było nam nienawidzić, naszą nienawiścią ścigać”. Współpracował z Radą Pomocy Żydom „Żegota” i Frontem Odrodzenia Polski, katolicką organizacją pomagającą Żydom. Był kapelanem Komendy Głównej Armii Krajowej. Wiosną 1944 roku mówił do członków AK: „Tak, może tak być, że gwałtowniej, silniej działa jako pobudka do czynu inne uczucie. Ale to tylko chwilowo, w szale jakimś, w podnieceniu walki. Ale działać wytrwale, walczyć wytrwale i pracować wytrwale potrafi tylko miłość”. W Powstaniu Warszawskim kontynuował pracę duszpasterską, został ranny. Po Powstaniu znalazł się w Krakowie, następnie – z własnej inicjatywy – trafił do niemieckiego obozu pracy we Fromborku. 29 maja 1945 roku przybył do Słupska, gdzie otrzymał zgodę władz miasta na przejęcie kościoła św. Ottona. W sierpniu mówił w kazaniu: „Mamy prawo do tej ziemi. Mamy prawo do zdobycia tego mienia nawet, które było w posiadaniu Niemców. Naród ma dawać zadośćuczynienie, mamy prawo od niego tego żądać, ale nam nie wolno w tej sprawie przekroczyć granicy, a tą granicą jest fakt, że Niemiec jest człowiekiem! I nie wolno nikomu (...) godności ludzkiej w tym Niemcu poniewierać”. W styczniu 1946 roku zwolniono go ze stanowiska proboszcza w Słupsku. Objął parafię w Wytownie. Gdy 1 marca 1948 roku papież Pius XII skierował do biskupów niemieckich list poruszający sprawę uchodźców z dawnych ziem niemieckich, ks. Zieja reagował: „List papieski wyraża narodowi niemieckiemu tylko serdeczne współczucie, a wcale nie wzywa tego narodu do pokuty. […] Ojciec Święty nazywa »odwetem« to, co jest tylko częścią sprawiedliwego wyrównania krzywd, doznanych przez naród polski ze strony Niemiec; gdybyśmy chcieli odwetu – to rękami niemieckimi nabudowalibyśmy dziesiątki krematoriów i spalilibyśmy żywcem tyle milionów Niemców, ilu oni spalili niewinnych Polaków, Żydów, Serbów”. W grudniu 1948 roku, po aresztowaniu przez komunistów prymasa Węgier, ks. Zieja pisał: „W dzikiej walce, którą wola mocy ateizmu upojonego swoimi gwałtami [...] wydaje dziś wszystkiemu, co ma jeszcze znamię wiary w Boga, obowiązkiem chrześcijanina jest walczyć aż do końca na płaszczyźnie ludzkiej, w imię sprawiedliwości, prawości, niewzruszonej godności człowieka i jego duszy nieśmiertelnej”. W czerwcu 1949 roku ks. Zieja przeszedł pod jurysdykcję Prymasa Wyszyńskiego, a w 1951 roku został rektorem kościoła sióstr wizytek na Krakowskim Przedmieściu. Po aresztowaniu Prymasa w 1953 roku Episkopat wydał oświadczenie: „udział katolików, a tym bardziej duchowieństwa w akcji podziemnej i w dywersji gospodarczej jest nie tylko sprzeczny z dobrem Narodu, ale również szkodliwy dla działalności Kościoła katolickiego w Polsce”. Ks. Zieja nie odczytał oświadczenia z ambony. Gdy zażądano wyjaśnień, powołał się na zalecenie Prymasa, aby się kierować przede wszystkim własnym sumieniem. Pozbawiony funkcji kościelnych w 1958 roku napisał do Prymasa: „Nie mogąc się doczekać przez osiem lat dania mi samodzielnej placówki parafialnej, za swą »parafię« w Warszawie będę odtąd uważał wszystkich żyjących tak czy inaczej poza Kościołem (Żydzi, niewierzący, sekciarze, publiczni grzesznicy, prostytutki itp.) i wśród nich będę się starał pracować”. Pozostał przy kościele wizytek jeszcze rok, później przeniósł się do Drohiczyna, a w 1966 roku do parafii w miejscowości Przytor. Do Warszawy powrócił w roku 1968 roku. 17 września 1974 roku w kazaniu w archikatedrze ks. Zieja mówił: „Jest to 35. rocznica dnia, w którym na walczącą Polskę uderzono ze wschodu. Z gorzką pamięcią o tym fakcie stoimy dziś w obliczu Boga. Jak mamy przeżyć tę rocznicę? [...] Mamy obowiązek przede wszystkim przebaczyć wszystkim tym, do których żywiliśmy gniew, przebaczyć wszystkie krzywdy osobiście nam wyrządzone. [...]. Jesteśmy głęboko spragnieni pojednania się naszego narodu z tamtym narodem. Ale stać się to może tylko w prawdzie”. Kazanie to zapoczątkowało współpracę księdza z opozycją. Gdy we wrześniu 1976 zawiązał się Komitet Obrony Robotników, wśród sygnatariuszy był ks. Zieja. Jan Zieja na wszystkich etapach życia występował w imieniu najsłabszych, krzywdzonych, prześladowanych, a zarazem – przeciw nienawiści, która rodzi się zwykle za sprawą doświadczanych represji. Sprawiedliwej postawie księdza towarzyszyła odwaga formułowania swych racji, co przysparzało mu niemałych trudności nie tylko ze strony zideologizowanego państwa powojennego, ale i własnego Kościoła. Ks. Zieja – „żywy dowód na istnienie Boga” – staje się uosobieniem Prawdy. Zbigniew Gluza